Trepanação é uma intervenção cirúrgica, em que um buraco é aberto no crânio humano, em razão do tratamento de desordens e problemas de saúde que envolvem doenças intracranianas. Também pode se referir a qualquer buraco aberto em outras superfícies do corpo. É também um procedimento usado para aliviar dores associadas a hematomas. O instrumento usado para tais intervenções é chamado de trépano.

Tem-se encontrado evidências de trepanação em restos de cadáveres pré-históricos, a partir do período Neolítico, por diversas vezes. Pinturas rupestres mostram que os povos pré-históricos acreditavam que a trepanação poderia tratar casos de epilepsia, enxaquecas e distúrbios mentais. O osso que foi trepanado era utilizado como amuleto para manter os maus espíritos a distância. Evidências sugerem também que a trepanação era uma intervenção cirúrgia primitiva de emergência, para remover pedaços de ossos quebrados de um crânio fraturado e limpar coágulos de sangue sob o crânio. Tais lesões eram típicas de armas primitivas, como as fundas.

Em algumas cirurgias modernas dos olhos, o trépano é usado para se transplantar córneas. O processo de se furar uma unha também é conhecido por trepanação, procedimento no qual o médico fura a unha para se aliviar dor e consequentemente a pressão sanguínea da unha do pé ou da mão.

Na década de 60 algumas pessoas começaram a incentivar a intervenção como forma de conseguir um estado similar aos efeitos do LDS e relacionavam à prática da trepanação com exercício orientais, como a ioga e a meditação. Sobretudo foi defendida por Bart Huges, o qual em uma apresentação em praça pública, fez uma abertura em seu crânio a fim de chamar a atenção da população de Amsterdan para expandir as suas mentes