A degradação dos ambientes naturais do Brasil basicamente ocorre por desmatamento, para ampliação de áreas de plantio, poluição de rios por dejetos humanos e industriais, queima de combustíveis fósseis (gasolina, querosene) e contaminação do solo, por técnicas inadequadas de mineração e mau uso de substâncias químicas.

O bioma mais devastado é a mata Atlântica: 75% da área originalmente ocupada foram destruídos. A mata Atlântica ocupava o litoral brasileiro, do Rio Grande do Sul ao Rio Grande do Norte, avançando pelo interior do país (fazia limite com a região de cerrado do centro-oeste e da caatinga, no Nordeste). Hoje, apenas restam apenas pequenos trechos isolados.

A imensa maioria da mata Atlântica foi ocupada por núcleos urbanos e nunca será recuperada (ao menos, não antes da extinção da humanidade). Há projetos, porém, para recuperar e manter as poucas áreas, que são hábitat de várias espécies animais e vegetais; a maioria deles é tocada por organizações não governamentais.

As áreas da mata Atlântica exigem cuidados especiais, porque sua restauração demanda o replantio de espécies nativas, já que diversas espécies não se adaptam a florestas secundárias (que receberam outros tipos de plantas): é o caso dos micos-leões, jaguatiricas e algumas araras.

O pantanal mato-grossense é prejudicado pelo aumento da temperatura, que nos últimos anos vem provocando mudanças no regime de chuvas da região. A região de cerrado, que ocupa boa parte dos estados de Minas Gerais, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Goiás, sofre com a expansão das atividades agrícolas e pecuárias.

Também por causa do efeito estufa, a tendência é de ampliação da caatinga, que pode estender-se por Tocantins, Maranhão e Piauí, prejudicando a floresta de cocais.

Na região Norte, o risco é o desmatamento da Amazônia, o bioma que apresenta a maior biodiversidade do mundo.

As matas ciliares – vegetação que cresce junto aos rios – também preocupam. A cobertura vegetal foi fragmentada pela ação humana, prejudicando sensivelmente estas vegetações. Isto prejudica também as bacias hidrográficas, produzindo meandros que modificam as características dos rios.

As atividades de extração de minérios são comuns no Brasil. Técnicas arcaicas prejudicam bastante as regiões exploradas, com a degradação visual da paisagem, do solo e do relevo, além dos impactos junto às populações locais.

O Brasil arrasta há anos a discussão sobre um novo código florestal. O projeto foi finalmente votado pelo Congresso Nacional, mas o veto presidencial a diversos artigos, como os que permitem plantio nas encostas e topos de morros e reduzem as áreas de proteção ao longo dos rios (que não podem ser usadas para atividades agropecuárias), levou o código novamente para a Câmara dos Deputados. A discussão entre representantes de ruralistas e ambientalistas vai consumir mais tempo.